会社売却で税金はいくらかかる？
株式譲渡・事業譲渡の違いと手取りを解説

会社売却を検討するとき、多くの経営者が気になるのが 「最終的に自分の手元へいくら残るのか」です。

同じ売却価格でも、株式を経営者個人が売却するのか、 会社が事業そのものを売却するのかによって、課税関係や資金が残る場所が異なります。 そのため、売却価格だけで判断せず、税引後の手取りまで考えて出口戦略を設計することが重要です。

結論｜会社売却の税金は「株式譲渡」か「事業譲渡」かで変わる

中小企業の会社売却では、大きく分けて 株式譲渡と事業譲渡という方法があります。

この違いは非常に重要です。 「会社が1億円で売れた」という同じ表現でも、 誰が売却代金を受け取り、どこで税金が発生するのかが変わるためです。

株式譲渡の場合｜個人株主には譲渡益に課税

オーナー経営者個人が保有する非上場会社の株式を売却した場合、 基本的には株式の譲渡益に対して課税されます。

一般株式等の譲渡所得等については、所得税15％・住民税5％が基本となり、 2037年までは所得税額に対する復興特別所得税も加わるため、 実質的な税率は20.315％となります。

ただし、実際の税額は株式の取得費、譲渡費用、株主の属性や取引条件などによって変わります。

「1億円で売れたら約2,000万円の税金」とは限らない

税金は売却代金1億円全額ではなく、原則として取得費などを差し引いた譲渡益を基礎に計算します。 そのため、手取りを試算するときは株式の取得費なども確認する必要があります。

事業譲渡の場合｜まず会社側で課税を考える

事業譲渡では、会社が事業や資産を売却し、その対価を会社が受け取ります。 そのため、個人株主が直接株式を売却する場合とは税金の構造が異なります。

譲渡によって会社に利益が生じれば、その利益は法人側の課税所得に影響します。 また、譲渡する資産の種類によっては消費税の課税対象となるものがあります。

事業譲渡では、営業権や一定の有形固定資産など課税対象となる資産と、 土地など消費税が非課税となる資産を区分して考える必要があります。

株式譲渡と事業譲渡｜税金以外にも違いがある

「税金が少ない方を選べばよい」とは限りません。 M&Aのスキームは、税務だけでなく事業承継の実務まで含めて判断する必要があります。

売り手側だけでなく、買い手側の希望によっても適切なスキームは変わります。 売却価格・税金・契約・リスクを一体で考えることが重要です。

1億円で会社を売却した場合、手取りはいくら？

たとえば、個人株主が株式譲渡で1億円の売却代金を受け取る場合でも、 単純に「1億円 × 20.315％」だけで最終税額が決まるわけではありません。

株式の取得費や譲渡費用などを確認し、 実際の譲渡益を計算したうえで税額を考える必要があります。

一方、事業譲渡の場合は売却代金がまず会社へ入るため、 法人側の税金だけでなく、その資金を最終的にオーナー個人へどう移すかまで考えなければ、 個人ベースの手取り額は比較できません。

会社売却の手取り額を考えるときの5つのポイント

1. 売却価格だけを見ない

重要なのは表面的な売却金額ではなく、税金や諸費用を差し引いた後に何が残るかです。

2. 株式譲渡か事業譲渡かを確認する

スキームによって課税される主体と資金の行き先が変わります。

3. 株式の取得費を確認する

株式譲渡では取得費が譲渡益の計算に影響するため、過去の出資・株式取得に関する資料を確認しておきましょう。

4. 売却時期も含めて考える

会社の利益や企業価値を改善してから売却した方が、 税負担が増えても最終的な手取り額が大きくなる場合があります。 節税だけでなく企業価値向上との両方で考えることが重要です。

5. 契約前に税理士などへ具体的な試算を依頼する

M&Aは金額が大きく、取引条件によって税務も変わります。 具体的な売却スキームが見えてきた段階では、 M&A税務に詳しい税理士などへ個別に確認することが重要です。

まとめ｜会社売却は「売却価格」ではなく「税引後手取り」で考える

会社売却では、株式譲渡か事業譲渡かによって税金の構造が大きく変わります。 個人株主による株式譲渡では譲渡益への課税を考え、 事業譲渡では法人側の利益や消費税、その後の資金移動まで含めて考える必要があります。

だからこそ、会社売却を検討するときは 「いくらで売れるか」「税引後いくら残るか」「いつ売るべきか」 の3つをセットで考えることが重要です。

※本記事は会社売却に関する一般的な情報提供を目的としたものであり、個別の税務・法務アドバイスではありません。実際の税額や最適な売却方法は、株主構成、取得費、譲渡資産、会社の財務状況等によって異なります。具体的な取引では税理士・弁護士等の専門家へご確認ください。